Уже в древности река служила связующим звеном между побережьем Финского залива и внутренними районами, обеспечивая выход к Чудскому озеру и далее — к Пскову и Новгороду.

Первое письменное упоминание территории относится к 1503 году, когда ливонский ландмейстер Вольтер фон Плеттенберг разрешил жителям Нарвы строить у моря постройки для рыбной ловли и хранения снастей. В XVI веке у устья Нарвы начали появляться укрепления и небольшие поселения, связанные с судоходством, рыболовством и лоцманской службой. Постепенно правый берег реки стал более активной и значимой частью устьевой территории.

В XVIII веке поселение продолжало развиваться как прибрежная и речная община, а в конце XVIII — начале XIX века Нарва-Йыэсуу всё чаще воспринимался как место летнего отдыха. Существенные изменения произошли в 1873 году, когда по инициативе тогдашнего мэра Нарвы Адольфа Фёдоровича Гана было принято решение о развитии Нарва-Йыэсуу как курорта. Этому способствовали мягкий климат, сосновые леса, длинный песчаный пляж и близость к Нарве и Санкт-Петербургу.

Во второй половине XIX века Нарва-Йыэсуу быстро сформировался как курортный посёлок. Здесь появились виллы, пансионы, парки и курортная инфраструктура. Архитектурный облик складывался под влиянием европейских курортов и дачной застройки: деревянные дома с верандами, декоративные элементы, разнообразие стилей — от историзма до модерна. К началу XX века Нарва-Йыэсуу стал одним из самых популярных курортов региона.

В период между мировыми войнами курорт продолжал развиваться и был особенно востребован среди творческой и интеллигентской среды. Однако Вторая мировая война нанесла городу тяжёлый урон: значительная часть исторической застройки была утрачена, а архитектурная целостность курорта серьёзно нарушена.

В советский период Нарва-Йыэсуу получил новое развитие как курорт и место отдыха. Здесь строились санатории, дома отдыха, детские лагеря, развивалась туристическая и рекреационная инфраструктура. Одновременно город постепенно утратил значительную часть своей довоенной деревянной архитектуры, особенно в центральных районах.

После восстановления независимости Эстонии Нарва-Йыэсуу пережил непростой период, связанный с экономическими и социальными изменениями. С начала 2000-х годов город постепенно возвращает себе статус курортного направления. Реставрация исторических зданий, развитие спа-туризма, благоустройство общественных пространств и природных территорий формируют современный облик Нарва-Йыэсуу.

Сегодня Нарва-Йыэсуу — это курортный город с многослойной историей, где природное наследие, архитектура разных эпох и память о прошлом создают уникальную атмосферу места.